ホスト型セキュリティにて、サーバー単位でアラートメールの送信先を設定することはできますか？

いいえ。　アラートは、ポリシーやコンピュータごとに異なる設定にはできません。
1つのアラートに関するプロパティに加えた設定変更は、全体に適用されます。

参考：　チュートリアル　‐　アラート設定