自分のライセンスにてアクティベートしたWindows Serverに対して、ECL2.0で提供しているRemote Desktop Services SALを利用したいが、問題ありますか？

はい、お客さま自身のライセンスにてアクティベートしたWindowServerに対してリモートアクセスしたい場合、弊社提供のRemote Desktop Services SALはご利用いただけません。
お客さま自身のライセンスにてアクティベートしたWindowsServerに対しては、お客さまにて購入したVolumeLicense版のRemoteDesktopServices CALをご利用ください。

※RDS CALを持ち込む場合、仮想サーバーとベアメタルサーバーのいずれのメニューでもご利用いただけます。仮想サーバーに持ち込む場合には、SA（ソフトウェアアシュアランス）の権利を有したライセンスである必要がございます。
SA付ライセンスのクラウド環境への持ち込みにつきましては、以下を参照ください。
https://www.microsoft.com/ja-jp/licensing/licensing-programs/software-assurance-license-mobility.aspx