障害時はプログラムをアップロードし直す必要がありますか？

物理障害/論理障害に関わらず不要です。全自動でインスタンスが再度起動されます。
一旦、明示的にデプロイしたアプリケーションは、永続的な領域に保存されており、故障による再起動やインスタンス増減時など、必要に応じてその場所からインスタンスが自動的に再生成されます。