vSphere ESXi 5.5からvSphere ESXi 6.0へアップグレードすることはできますか？

いいえ。ECL2.0が提供している専用ハイパーバイザーメニューにおいて、vSphere ESXi 5.5からvSphere ESXi 6.0へアップグレードは、ライセンスの関係上、認められておりません。vSphere ESXi 6.0の環境を新規に作成（専用ハイパーバイザーメニュー新規申し込み）いただき、既存のvSphere ESXi 5.5環境からデータ移行をご検討ください。