特定のディレクトリのみをバックアップすることはできますか？

はい、可能です。ファイルバックアップとして、データの全体または指定した一部を対象として、バックアップの取得が可能です。

参考：　サービス説明書 - バックアップ

設定手順は下記をご参照ください。
チュートリアル - バックアップ対象ファイルの指定