Windows OSのインスタンスに複数ボリュームを追加した状態でシステムバックアップをしたら、リストア先サーバーも同様のドライブ構成になりますか？

OSを含むブートボリュームと他ボリュームの複数ボリュームを一体としたシステムバックアップのリストアには、事前にリストア先サーバーのパーティション、ディスクマウント構成はバックアップ対象サーバーと同一にしておく必要があります。

例えば、サーバーがCドライブとDドライブを持っており、バックアップ対象をバックスラッシュとしていた場合、両ドライブのデータがバックアップされます。このデータをリストアする場合は、リストア先サーバも同一の構成にする必要があります。
C/D両方を持つ構成であればリストアが可能です。

バックアップの制約事項につきましては、サービス説明書をご確認ください。