1つのサーバ上の、異なるディレクトリをそれぞれバックアップ対象にすることは可能ですか？

同一サーバ内であれば、バックアップ対象として任意のディレクトリ/ファイルを複数指定できます。

詳細はサービス説明書 - バックアップをご参照ください。

※なお、ディレクトリ毎に異なる設定はできません。
例えば、開始時刻枠をディレクトリ毎に変えることはできません。
/ABC/data →日次）毎日UTC0:00～3:00の時間枠を指定
/XYZ/app  →日次）毎日UTC3:00～6:00の時間枠を指定